مهم‌ترین وظایف ستاد بین المللی پاسخ به شبهات و سؤالات اسلامی، عبارت است از:

1ـ ارائه راه‌کارهای مناسب جهت آسان‌سازی پاسخ به شبهات و سؤالات اسلامی؛

2ـ رصد مراکز فعال در عرصه پاسخ‌ به شبهات و سؤالات اسلامی در سطح بین المللی؛

3ـ رصد مراکز و شخصیت‌های فعال اسلام‌پژوه ـ به خصوص جوامع غربی و خاورشناسان ـ در سراسر جهان؛

4ـ استخراج شبهات اسلامی مطرح در سطح جهان به خصوص از سوی خاورشناسان و جوامع غیر اسلامی؛

5ـ طبقه‌بندی و تقسیم‌بندی شبهات و سؤالات اسلامی مهم در مقیاس جهانی؛

6ـ حضور فعال  و گسترده در عرصه مجازی به زبان‌های گوناگون؛

7ـ تجمیع آثار مرتبط با پاسخگویی به شبهات و سؤالات اسلامی به زبان‌های گوناگون در جهان؛

8ـ تحقیق و مطالعه در زمینه پاسخ به شبهات و سؤالات اسلامی به شکل‌های گوناگون و متنوع؛

9ـ چاپ و نشر آثار مرتبط با پاسخگویی به شبهات و سؤالات اسلامی؛

10ـ ارتباط با سازمان‌ها، نهادها، مرکزها و شخصیت‌های خارج از کشور جمهوری اسلامی ایران در زمینه پاسخ به شبهات و سؤالات اسلامی؛

11ـ هماهنگی میان مراکز، سازمان‌ها، ارگان‌ها و شخصیت‌های مرتبط با پاسخ‌گویی به شبهات و سؤالات اسلامی؛

12ـ قرار دادن امکانات لازم در اختیار دانشمندان، اساتید، طلاب، دانشجویان و پژوهشگران در زمینه پاسخ به شبهات و سؤالات اسلامی؛

13ـ معرفی مراکز، سازمان‌ها، نهادها و شخصیت‌های پاسخگو به شبهات و سؤالات اسلامی به عموم مردم؛

14ـ تجمیع بودجه و امکانات لازم جهت یکپارچه‌سازی فعالیت‌های پاسخگویی به شبهات و سؤالات اسلامی؛

15ـ برگزاری نشست‌های علمی جهت ارتقای کمی و کیفی پاسخ به شبهات و سؤالات اسلامی در سطح بین المللی.