مهم‌ترین اهداف ستاد بین المللی پاسخ به شبهات و سؤالات اسلامی عبارت است از:

1) ارتقای کمی و کیفی پاسخ به شبهات و سؤالات اسلامی در سطح بین المللی؛

2)  نزدیکی بیش‌تر و بهتر مراکز و شخصیت‌های پاسخگو به شبهات و سؤالات اسلامی در گستره جهانی؛

3) بروز محصولات و نتایج بزرگ و مهم در عرصه پاسخ به شبهات و سؤالات اسلامی در مقیاس بین المللی؛

4) دفاع از کیان دین اسلام و قرآن کریم در برابر هجمه گسترده و عظیم رسانه‌های استکباری و سلطه‌طلب جهانی؛

5) بسترسازی مناسب جهت شناخت درست و حقیقی دین اسلام و قرآن کریم برای جهانیان.